guzhujushi/MCM-ICM_Toolkit
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guzhujushi c2595b6d07 feat(data): clean.py 四个函数落地；补测试、docstring 与 ruff 清理 
src 由用户本人写（决策 25），Codex 只做审查、补测试与文档。

实现（用户）：
- clean_missing：按行/列删缺失过多的行，threshold 用 math.ceil 算 min_non_na
  （3 列、阈值 0.5 时必须是 2；写 int() 截断会漏删）
- impute_missing / detect_outliers / winsorize（原属 L1，顺手落地）

Codex 改的轻度项：
- 按 §4.7 给四个函数补 Parameters / Returns / Raises（与 io.py 同一套 numpydoc 格式）
- ruff 6 -> 1：导入分组（I001）、elif 链改 if 加末尾无条件 return（RET505/RET503）、
  去掉多余 f 前缀（F541）、删掉只会被覆盖的 mask 初始化、去掉行尾空白（W293）
- tests/test_data.py：新增 13 条 clean 行为测试 + 7 条 xfail

结果：
- pytest 53 passed / 42 skipped / 7 xfailed（此前 40 / 44 / 0）
- pyright 0 errors, 0 warnings
- ruff 剩 1 条 SIM102，就在 detect_outliers 里那段待修的代码中，删掉即全绿

已知未修（详见 STATUS.md「下一步」）：
- detect_outliers 三个 bug：threshold 范围校验放错函数（iqr 分支 UnboundLocalError、
  zscore 默认 3.0 被 [0,1] 拒掉）、quantile 在含文本列的表上崩、
  is_series / is_ld_array 在 data 已转 DataFrame 之后才判断，因此永远为 False
- winsorize 同样在含文本列的表上崩
- impute_missing 的 mode 分支就地修改调用方的表
 2026-10-02 15:04:13 +08:00
guzhujushi 97a2f95066 fix(env): 钉死 pyright 的分析目标，修掉"无法解析导入 numpy/pandas" 
现象：编辑器 / pyright 满屏 reportMissingImports，但 .venv 与 conda 环境里
import numpy, pandas 都正常，pytest 也全过。

根因两层：

1. pyright 没配 venvPath / pythonPath 时会去 PATH 上找 python。本机 PATH 上
   唯一的 python 是 agent-tools 的 shim（Codex 运行时，Python 3.14），没有科学栈。
   pyright --verbose 显示它选了 3.14.6，Search paths 里一个 Anaconda 路径都没有。
   注意持久化的 User/Machine PATH 并没有这一项，是 Codex 进程临时注入的——所以
   "我的终端没问题"和"工具有问题"可以同时成立。
2. .venv 是 --system-site-packages 建的，三方包在 D:\anaconda\Lib\site-packages，
   而 pyright / Pylance 不认 pyvenv.cfg 的 include-system-site-packages，
   只去 .venv\Lib\site-packages 找（那里只有 pip）。
   pyright 不读 pyvenv.cfg，但**认 .pth**。

改动：
- pyproject.toml [tool.pyright]：venvPath = "." / venv = ".venv" /
  pythonVersion = "3.13"，并注释了为什么必须写
- scripts/setup-venv.ps1：新增第 [2/4] 步，自动往 .venv 写
  _mcm_base_site_packages.pth 指向该机 base 的 site-packages，换机重建即可
- tests/test_data.py：3 处 isna().all() 断言外面套 bool()（它的类型是
  Series | bool，直接当条件 pyright 报"条件操作数无效"）；
  2 处故意传错类型的用例加 type: ignore[arg-type]

结果：pyright 17 errors -> 0 errors / 0 warnings；pytest 两套环境均
40 passed, 44 skipped；ruff All checks passed；setup-venv.ps1 通过 AST 解析
（纯 ASCII + LF）。

文档：docs/04-environment.md 新增坑 7（含 pyright --verbose 诊断口诀与
VS Code / PyCharm 的操作步骤）、STATUS 决策 29、CHANGELOG。
 2026-10-02 13:36:16 +08:00
guzhujushi 6758e81c9d fix(data): 校验早于副作用，补空行；经验写入 pitfalls 
save_table 的两处收尾（用户授权代改）：

- 后缀校验原先藏在 if/else 分支的 else 里，排在 path.parent.mkdir(...) 之后，
  传 sub/x.txt 会先把 sub\ 建出来再抛 ValueError。改成守卫子句，集中在 mkdir 之前，
  校验段结束后才产生副作用；此时 else 分支自然消失，用回 if/else 两路分派
- __all__ 与下一个 def 之间补回第二个空行（PEP 8 / E302）

测试：
- 新增 test_save_table_validates_before_touching_disk，
  断言参数非法时 tmp_path 下一个条目都不留（ValueError 与 TypeError 两条路径）
- 40 passed / 44 skipped，两套环境一致；ruff All checks passed

文档：
- docs/dev/personal-pitfalls.md 追加条目 5（参数校验排在副作用之后）
  与条目 6（把 lint 的"没报错"当成"没问题"），索引表同步加行
- STATUS：io.py 收尾，L0 第 3 项完成；测试计数 40
- CHANGELOG：Fixed 段补两条
 2026-10-01 23:26:47 +08:00
guzhujushi 19f4a15107 docs(data): 补齐 io 两个函数的 Parameters 与 Raises 
按 docs/02-architecture.md §4.7，每个公开函数都要写全 Parameters 与 Raises，
格式对齐参考实现 core/random.py 的 get_rng。

- docstring 由 Codex 代写（本轮用户明确授权）；函数体逻辑由用户本人改
- load_table：返回注解 Any -> pd.DataFrame，与 docstring 的承诺对齐；
  写明 FileNotFoundError / ValueError / ImportError 各自在什么情况下抛
- save_table：写明 TypeError / ValueError / ImportError；
  并把 isinstance(df, pd.DataFrame) 校验挪到 mkdir 之前
- 两套环境 pytest 均 39 passed / 44 skipped，ruff All checks passed
 2026-10-01 23:22:40 +08:00
guzhujushi 49fd84a2df docs: L0 进度 3/12，记录 zstandard 残骸坑与决策 26/27 
- STATUS.md：本次任务拆成「第一阶段已完成 / 第二阶段进行中」；
  L0 3/12；测试计数改为 39 passed / 44 skipped；
  下一步里写明 io.py 待修的两处（mkdir 早于校验、缺 Raises）
- docs/04-environment.md 坑 6：conda 升级留下的 *.conda_trash 残骸目录会被
  Python 当成 namespace package 导入成功（__file__ 为 None），
  pandas 3.0 因此抛 ImportError: Can't determine version for zstandard
  直接打断 pd.read_csv；含排查方法与「改名禁用」的修法
- docs/dev/personal-pitfalls.md：条目 3（注解与 docstring 打架）复发 +1
- 决策 26：未实现的算法逐条 skip，禁用模块级 pytestmark
- 决策 27：zstandard 残骸改名禁用，不删不重装
- CHANGELOG：补 load_table/save_table 与 Fixed 段
 2026-10-01 23:11:48 +08:00
guzhujushi c93810ffb1 fix(core): 补齐 get_rng 类型校验，set_seed 覆盖 numpy 旧全局 
get_rng 的"共享单例生成器"设计由用户本人提出，本提交只在其上修 bug。

- random_state 判断从 isinstance(x, int) 放宽到 (int, np.integer)：
  np.int64 不是 int 的子类，之前会静默退回全局流、种子被无声忽略
- 非预期类型改成抛 TypeError（含 bool / float / str / list），不再静默降级
- get_rng 签名补上 np.integer 与 Generator，与 docstring 的承诺一致
- set_seed 同时调用 np.random.seed：sklearn / statsmodels 走的是 numpy
  旧全局状态，不覆盖它们"提交能重跑"就有洞（带 noqa: NPY002 与理由）
- 测试：TestRandom 由 4 条增到 7 条（np.integer、非法类型、共享生成器推进）
- 新增 docs/dev/personal-pitfalls.md：个人易错点清单，只追加、不通读，
  首批记录本轮 4 个点；docs/README.md 补上 05 与该文件的索引
- STATUS.md：L0 进度说明更新，决策 24 改写（共享单例）、新增决策 25
  （src/ 实现默认由用户本人写）
 2026-10-01 19:38:59 +08:00
guzhujushi 658b266614 feat(core): 实现 get_rng 与 set_seed 
L0 第 2 项落地。

- get_rng(int) 固定种子可复现；get_rng(Generator) 原样透传；
  get_rng() 跟随 set_seed 设过的全局种子，没设过则交给系统熵源
- set_seed(seed) 除记录 _GLOBAL_SEED 外，还调用 np.random.seed，
  让 sklearn / statsmodels 这些走 numpy 旧全局状态的库也能复现；
  这是全项目唯一碰旧接口的位置，标注了 noqa: NPY002 与理由
- 已知取舍写进 docstring：同一全局种子下多次 get_rng() 是同一条流
- tests/test_core.py：TestRandom 去掉 skip；把原来那条自证式的
  test_set_seed_makes_global_reproducible 换成两条真断言
  （不传 random_state 也要可复现、旧全局状态被覆盖）
- STATUS.md：L0 进度 2/12，新增决策 23（允许 set_seed 碰旧接口）
  与 24（不做 SeedSequence.spawn 拆分）；CHANGELOG.md 同步
 2026-10-01 19:19:15 +08:00
guzhujushi cb96c847dd feat(core): 实现 Result 的 __repr__ 与 summary 
L0 第 1 项落地。

- __repr__：单行紧凑；data 只给类型与规模（ndarray(100000)），
  绝不整数组打印；__repr__ 永不抛异常
- summary()：可直接贴进论文的 Markdown 表格，
  行序 success → params.* → metrics.* → extras.*（按插入顺序，不排序），
  float 走 .6g，竖线转义，message 以引用行附在表后
- 新增 5 个模块级私有辅助：_fmt_scalar / _fmt_cell / _fmt_mapping /
  _describe_data / _truncate
- tests/test_core.py：去掉 test_result_repr_is_readable 的 skip，
  并补 3 条行为测试（默认值与失败路径与十万级数组、Markdown 结构、幂等）
- STATUS.md：L0 进度 1/12；新增决策 21（repr 不打印 data 内容）、
  22（summary 行序不排序）；CHANGELOG.md 同步
 2026-10-01 18:48:43 +08:00
guzhujushi bcdbdd35a3 docs: 记录 Gitea 远端接入方式 
- STATUS.md：Gitea 接入标记完成，补充远端/分支/推送通道信息；
  新增决策 19（SSH 走 Tailscale 内网）与 20（首次推送 force-with-lease 的取舍）
- docs/05-git-workflow.md：第三节改写为实际拓扑（公网 22 被过滤、
  走 Tailscale + ~/.ssh/config 域名别名），补自检、日常推送、换机步骤，
  并保留仓库归属注意、补充可见性与协作者说明；
  回滚一节记录被覆盖提交的恢复命令
 2026-10-01 17:56:12 +08:00
guzhujushi 1aca8680fb docs: 让文档与环境/仓库真实状态一致 
- STATUS.md：补 D. Git 仓库小节（init/首次提交/行尾复核）；
  环境版本按实测复核更新（venv 已随 base 升到 numpy 2.4.6 等）；
  遗留项改为「Gitea 远程待配置」并记录沙箱账户的文件所有权副作用；
  新增决策 17（.git 由本人账户重建，不做 safe.directory 豁免）
  与 18（仓库级 core.autocrlf=false）
- docs/05-git-workflow.md：开头改为「已初始化，待配远程」；
  新增 §4 仓库归属注意，说明 dubious ownership 的成因与正确处置
- README.md：conda 脚本说明由「clone base，离线」更正为「精准包列表」；
  补一行仓库状态
 2026-10-01 17:45:54 +08:00
guzhujushi 5319589dfd chore: 初始化 MCM/ICM Toolkit 仓库骨架 
审查并精简 ChatGPT 的建库建议后落地的第一版骨架，只定接口不写实现。

- 建议审查：14 个包 → 7 个；约 250 个函数 → 约 40 个；5 个 Result 类 → 1 个
  （docs/01-suggestion-review.md）
- docs/：架构、路线图（含永久不做清单）、环境、Git 工作流、函数卡片模板
- src/mcm_toolkit/：core / data / stats / models / solve / decision / viz
  共 23 个模块，均为签名 + docstring + NotImplementedError
- tests/：9 个文件，其中 test_api_surface.py 已通过（20 passed）
- examples/ problems/ notebooks/ figures/ tables/ 骨架
- pyproject.toml（核心依赖 4 个 + 6 组 extras）、environment.yml
- scripts/：setup-venv.ps1（ASCII + LF）、setup-conda.ps1、doctor.ps1
- 环境：.venv（system-site-packages）与 conda 环境 mcm-toolkit 均已建好，
  数值栈版本与 base 完全对齐（numpy 2.4.6 / scipy 1.18.1 / pandas 3.0.6，MKL 后端）
 2026-10-01 17:43:48 +08:00