docs: 让文档与环境/仓库真实状态一致
- STATUS.md：补 D. Git 仓库小节（init/首次提交/行尾复核）； 环境版本按实测复核更新（venv 已随 base 升到 numpy 2.4.6 等）； 遗留项改为「Gitea 远程待配置」并记录沙箱账户的文件所有权副作用； 新增决策 17（.git 由本人账户重建，不做 safe.directory 豁免） 与 18（仓库级 core.autocrlf=false） - docs/05-git-workflow.md：开头改为「已初始化，待配远程」； 新增 §4 仓库归属注意，说明 dubious ownership 的成因与正确处置 - README.md：conda 脚本说明由「clone base，离线」更正为「精准包列表」； 补一行仓库状态
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guzhujushi committed
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5319589dfd
commit
1aca8680fb
3 files changed
+58
-21
No files matched your search
@@ -4,9 +4,9 @@
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## 本次任务
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审查并精简 ChatGPT 的建库建议 → 生成骨架文件 → 配置 conda 与 venv 环境。
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审查并精简 ChatGPT 的建库建议 → 生成骨架文件 → 配置 conda 与 venv 环境 → 初始化 git 仓库。
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**结论：全部完成。** 两套环境均已建成并通过验证。
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**结论：全部完成。** 两套环境均已建成并通过验证；本地仓库已初始化并完成首次提交。
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## 任务清单
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@@ -20,20 +20,21 @@
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- 逐项给出"砍什么 / 为什么 / 替代什么"，并补上原文缺失的六件事
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（论文产出链路、指标方向与量纲、时间预算、可复现性、测试测什么、离线约束）
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**B. 骨架文件生成**（78 个文件，约 6500 行）
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**B. 骨架文件生成**（76 个文件，约 6800 行）
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- [x] `docs/02-architecture.md` 架构、`docs/03-roadmap.md` 路线图与**永久不做清单**
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- [x] `docs/04-environment.md` 环境文档、`docs/dev/function-card-template.md` 卡片模板
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- [x] `src/mcm_toolkit/` 7 个包 23 个模块（**只有签名 + docstring + `NotImplementedError`**）
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- [x] `tests/` 9 个文件、`examples/` 4 个、`problems/` `notebooks/` `figures/` `tables/`
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- [x] `pyproject.toml`（核心依赖 4 个 + 6 组 extras）、`environment.yml`
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- [x] `.gitignore` `.editorconfig` `LICENSE` `CHANGELOG.md` `README.md`
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- [x] `.gitignore` `.gitattributes` `.editorconfig` `LICENSE` `CHANGELOG.md` `README.md`
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- [x] 脚本 `scripts/setup-venv.ps1` `setup-conda.ps1` `doctor.ps1`
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**C. 环境配置**
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- [x] **venv 已建好**：`.venv`（10.5 MB，Anaconda base 3.13.9 + `--system-site-packages`）
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- [x] **venv 已建好**：`.venv`（10.5 MB，Anaconda base + `--system-site-packages`）
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+ `pip install -e . --no-deps --no-build-isolation`；
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可直接导入 numpy 2.3.5 / scipy 1.16.3 / pandas 2.3.3 / matplotlib 3.10.6 /
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sklearn 1.7.2 / statsmodels 0.14.5 / networkx 3.5 / sympy 1.14.0
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可直接导入 numpy 2.4.6 / scipy 1.18.1 / pandas 3.0.6 / matplotlib 3.11.2 /
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sklearn 1.9.1 / statsmodels 0.15.0 / networkx 3.6.1 / sympy 1.14.0
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（版本随 base 走，base 升级后自动同步）
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- [x] **conda 环境已建好**：`D:\anaconda\envs\mcm-toolkit`（1.55 GB，Python 3.13.15）
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- 科学栈：numpy 2.4.6 / scipy 1.18.1 / pandas 3.0.6 / matplotlib 3.11.2 /
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sklearn 1.9.1 / statsmodels 0.15.0 / networkx 3.6.1 / sympy 1.14.0（MKL 后端）
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@@ -41,12 +42,18 @@
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- 已在本项目中可编辑安装
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- 实测耗时 868 秒，下载约 3 GB
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- [x] **Anaconda base 已升级** 2025.12 → **2026.07**（365 个包，下载 638 MB，耗时 1033 秒）
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- conda 自身 25.11.1 → **26.7.3**
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- conda 自身 25.11.1 → **26.7.3**（实测复核）
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- 并把项目环境 numpy 对齐到 base 的 2.4.6，**两套环境数值栈现已完全一致**（MKL 后端）
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- 升级前已用 `conda list -n base --revisions` 留了回滚点
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- [x] 环境脚本按实测结果重写：`setup-conda.ps1` 默认改为**精准包列表**
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（`--clone base` 实测会走完整下载安装，不再是"离线快捷方式"）
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**D. Git 仓库**
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- [x] `git init -b main`，`core.autocrlf=false`，首次提交
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`5319589`（76 文件 / 6812 行），工作区干净
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- [x] `git ls-files --eol` 复核：**全部 LF**，`.gitattributes` 生效
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- [x] 仓库由**本人账户 guzhu** 创建（见决策 17）
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### 验证结果
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| 检查 | venv | conda `mcm-toolkit` |
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@@ -57,20 +64,27 @@
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| `scripts/doctor.ps1` | 跑通 | — |
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| SALib / pymoo / pyright | 缺失 | 已装 |
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- base 亦已复核：numpy 2.4.6 / scipy 1.18.1 / pandas 3.0.6（与两套环境一致）
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- skip 的都是等实现的算法行为测试；通过的 20 条是 `tests/test_api_surface.py` 的公开 API 契约测试
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- 三个 `.ps1` 通过 PowerShell AST 语法解析
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### ⚠️ 需要注意 / 遗留
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- [x] ~~两套环境版本不一致~~ → **已解决**：base 升级到 2026.07 后，两套的
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- [x] ~~两套环境版本不一致~~ → **已解决**：base 升级到 2026.07 后，
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numpy/scipy/pandas/matplotlib/sklearn/statsmodels/networkx/sympy 版本完全一致，
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只差 Python 补丁号（3.13.9 vs 3.13.15）。详见 `docs/04-environment.md` §5。
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- [ ] **Gitea 远程尚未配置**：本地仓库已就绪（`main` / `5319589`），
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只差你自己的 Gitea 地址。命令见 `docs/05-git-workflow.md` §3。
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- [ ] 所有函数实现尚未开始（按 L0 → L1 顺序，见 `docs/03-roadmap.md`）
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- [ ] Gitea 远程尚未配置（本地仓库已初始化并完成首次提交，推送步骤见 `docs/05-git-workflow.md`）
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- [ ] 本次执行环境的 `exec_command` 在沙箱模式下**完全不可用**
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（`helper_unknown_error: setup refresh had errors`），
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只有提权（`require_escalated`）模式可用。沙箱模式只允许写
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`D:\MCM&ICM_Toolkit`，因此前面一轮只能用 Node 子进程作为执行通道。
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- [ ] 本机 `exec_command` 在沙箱模式下**完全不可用**
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（`helper_unknown_error: setup refresh had errors`），只有提权
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（`require_escalated`）模式可用。沙箱模式只允许写 `D:\MCM&ICM_Toolkit`。
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- [ ] **副作用**：沙箱通道（Node 子进程）以 `CodexSandboxOffline` 账户运行，
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它写出的文件 Owner 是沙箱账户而非 `guzhu`。
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实测 `guzhu` 对这些文件仍有 Modify 权限（继承自 `Authenticated Users`），
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读写不受影响；但 git 的 **dubious ownership** 检查会因此误报，
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所以 `.git` 必须由本人账户创建（见决策 17）。
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若以后再用沙箱通道写文件，注意同一问题。
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## 决策记录
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@@ -92,11 +106,13 @@
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| 14 | base 升级用 `conda update -n base --all`，而不是装新 conda | 计划干净（365 更新 / 0 删除 / 0 冲突），且能保留既有的 `lingbot-map` 环境 |
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| 15 | 项目环境 numpy **降**到 base 的 2.4.6 | 升 base 的 numpy 会连带把 BLAS 从 MKL 换成 OpenBLAS；宁可降一个 minor，也不动整套线性代数后端 |
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| 16 | 新增 `.gitattributes` 强制 LF | 仓库要给队友在 Windows/WSL/Linux 上 clone，不固定行尾会产生"整文件都变了"的假 diff |
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| 17 | `.git` 由**本人账户 guzhu** 重建，不做 `safe.directory` 豁免 | 沙箱通道建的 `.git` Owner 是 `CodexSandboxOffline`，git 会报 dubious ownership。加全局豁免是把问题藏起来；直接以本人账户重建，仓库和远程（Gitea）身份一致 |
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| 18 | `core.autocrlf=false`（仓库级） | 配合 `.gitattributes` 的 LF 策略，避免 Windows 上 checkout 又转成 CRLF |
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## 下一步
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1. 按 `docs/03-roadmap.md` 的 **L0（12 个函数）** 顺序填实现，先写测试再写代码。
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2. 每写完一个函数，在 `examples/` 里加一行最小用法，并更新本文件。
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3. 在 Gitea 建空仓库 → `git remote add origin ...` → `git push -u origin main`
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（命令见 `docs/05-git-workflow.md`）。
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1. 在 Gitea 建**空**仓库（不要初始化）→ `git remote add origin ...` → `git push -u origin main`
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（命令见 `docs/05-git-workflow.md` §3，HTTPS 与 SSH 两版都有）。
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2. 按 `docs/03-roadmap.md` 的 **L0（12 个函数）** 顺序填实现，先写测试再写代码。
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3. 每写完一个函数，在 `examples/` 里加一行最小用法，并更新本文件。
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4. L0 跑通后，找一道真题（建议 2025 C）走完整流程，反向沉淀函数。
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