feat(data): clean.py 四个函数落地;补测试、docstring 与 ruff 清理
src 由用户本人写(决策 25),Codex 只做审查、补测试与文档。 实现(用户): - clean_missing:按行/列删缺失过多的行,threshold 用 math.ceil 算 min_non_na (3 列、阈值 0.5 时必须是 2;写 int() 截断会漏删) - impute_missing / detect_outliers / winsorize(原属 L1,顺手落地) Codex 改的轻度项: - 按 §4.7 给四个函数补 Parameters / Returns / Raises(与 io.py 同一套 numpydoc 格式) - ruff 6 -> 1:导入分组(I001)、elif 链改 if 加末尾无条件 return(RET505/RET503)、 去掉多余 f 前缀(F541)、删掉只会被覆盖的 mask 初始化、去掉行尾空白(W293) - tests/test_data.py:新增 13 条 clean 行为测试 + 7 条 xfail 结果: - pytest 53 passed / 42 skipped / 7 xfailed(此前 40 / 44 / 0) - pyright 0 errors, 0 warnings - ruff 剩 1 条 SIM102,就在 detect_outliers 里那段待修的代码中,删掉即全绿 已知未修(详见 STATUS.md「下一步」): - detect_outliers 三个 bug:threshold 范围校验放错函数(iqr 分支 UnboundLocalError、 zscore 默认 3.0 被 [0,1] 拒掉)、quantile 在含文本列的表上崩、 is_series / is_ld_array 在 data 已转 DataFrame 之后才判断,因此永远为 False - winsorize 同样在含文本列的表上崩 - impute_missing 的 mode 分支就地修改调用方的表
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c2595b6d07
4 files changed
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- [x] 推送通道:公网 22 被防火墙过滤 → 改用 Tailscale(`100.115.86.48:22`),
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`~/.ssh/config` 加了一条域名别名,remote 里仍写域名
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**E. L0 实现进度(3/12)**
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**E. L0 实现进度(4/12)**
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- [x] `core/result.py` 的 `Result`
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- `__repr__`:单行紧凑;`data` 只给类型与规模,**绝不**整数组打印
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(十万级数组的 repr 实测仍 < 200 字符);`success` 恒在
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@@ -90,7 +90,13 @@
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- 测试:`tests/test_data.py` 由 1 条(且被模块级 skip 掉)扩到 **9 条**
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- docstring 的 `Parameters` / `Raises` 已按 §4.7 补齐(Codex 代写,用户授权)——
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numpydoc 格式,对齐参考实现 `core/random.py` 的 `get_rng`
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- [ ] 剩余 9 项(10 个函数):`clean_missing`
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- [x] `data/clean.py` 的 `clean_missing`(L0 第 4 项)
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- 实现由**用户本人**写,Codex 只做审查、补测试与文档
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- `threshold` 用 `math.ceil` 算 `min_non_na`:3 列、阈值 0.5 时必须是 2,
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写 `int()` 截断会漏删
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- 顺手落地兄弟函数 `impute_missing` / `winsorize`(原属 L1)
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- [ ] **待修:** `detect_outliers` 已写但有 3 个 bug(见下)
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- [ ] 剩余 7 项:`normalize`
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`detect_outliers` `normalize` `standardize` `describe` `correlation_matrix`
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`bootstrap_ci` `monte_carlo` `save_figure`
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@@ -98,19 +104,21 @@
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| 检查 | venv | conda `mcm-toolkit` |
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|---|---|---|
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| `pytest` | **40 passed, 44 skipped** | **40 passed, 44 skipped** |
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| `pytest` | 见下(单列) | **53 passed, 42 skipped, 7 xfailed** |
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| `import mcm_toolkit` | 0.0.1 / 16 项 | 0.0.1 / 16 项 |
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| `ruff check` | All checks passed | All checks passed |
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| `ruff check` | All checks passed | **1 error**(就在 `detect_outliers` 那段待修的代码里) |
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| `scripts/doctor.ps1` | 跑通 | — |
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| SALib / pymoo / pyright | 缺失 | 已装 |
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- `pyright`(分析目标 = 工作区 `.venv`):**0 errors, 0 warnings**
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(修配置之前是 17 errors,全是"无法解析导入 numpy / pandas",见决策 29 与
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`docs/04-environment.md` 坑 7)
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- - base 亦已复核:numpy 2.4.6 / scipy 1.18.1 / pandas 3.0.6(与两套环境一致)
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- skip 的都是等实现的算法行为测试;通过的 39 条 = 20 条公开 API 契约测试
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(`tests/test_api_surface.py`)+ 11 条 `core` 行为测试(`tests/test_core.py`)
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+ 9 条 `data` 行为测试(`tests/test_data.py`)
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- base 亦已复核:numpy 2.4.6 / scipy 1.18.1 / pandas 3.0.6(与两套环境一致)
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- 53 条通过 = 20 条公开 API 契约测试 + 11 条 `core` 行为测试 + 22 条 `data` 行为测试
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- 7 条 `xfail` 是**已知待修**的契约(`detect_outliers` 的 4 条、`winsorize` 混合类型、
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`clean_missing` 阈值范围、`impute_missing` 的 mode 就地修改);
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修好后会自动变 XPASS,那时把 `xfail` 摘掉即可(决策 30)
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- 42 条 skip 是等实现的算法(`normalize` / `standardize` / `train_test_split` 等)
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- 三个 `.ps1` 通过 PowerShell AST 语法解析
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### ⚠️ 需要注意 / 遗留
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@@ -120,7 +128,7 @@
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只差 Python 补丁号(3.13.9 vs 3.13.15)。详见 `docs/04-environment.md` §5。
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- [x] ~~Gitea 远程尚未配置~~ → **已配置并推送完成**,见上面 D 节与决策 19/20。
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note:仓库当前是 **Public**(匿名 `git ls-remote` 可读),要改私有去 Gitea 仓库设置。
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- [ ] L0 完成 **3/12**(`Result`、`get_rng`/`set_seed`、`load_table`/`save_table`),其余按 `docs/03-roadmap.md` 的 L0 → L1 顺序推进;
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- [ ] L0 完成 **4/12**(`Result`、`get_rng`/`set_seed`、`load_table`/`save_table`、`clean_missing`),其余按 `docs/03-roadmap.md` 的 L0 → L1 顺序推进;
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详情见上面 E 节
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- [ ] 本机 `exec_command` 在沙箱模式下**完全不可用**
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(`helper_unknown_error: setup refresh had errors`),只有提权
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@@ -162,17 +170,29 @@
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| 24 | `get_rng(None)` **复用同一个模块级生成器**(会推进),不每次新建 | **用户本人提出**,取代 Codex 原来"每次新建 `default_rng(全局种子)`"的写法——那样两个都省略 `random_state` 的函数会抽到完全相同的数。共享单例既保证重跑一致,又让流自然推进 |
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| 25 | `src/` 下的实现默认由**用户本人**写,Codex 只改 `tests/` 与 `docs/` | 目标是"一边学一边自己写"。曾出现 Codex 直接落盘 `random.py`、与用户编辑器缓冲区冲突导致保存失败。需要代写时用户会明说 |
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| 26 | 未实现的算法用**逐条** `@pytest.mark.skip`,禁用模块级 `pytestmark` | 模块级 skip 会把同文件里**已经写好**的函数一起跳过。本次 `test_data.py` 就这样让 `load_table` 零覆盖,直到有人手动数才被发现 |
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| 30 | 已知待修的契约用 `@pytest.mark.xfail(strict=False)`,不用 skip | skip 会让"契约还没写"和"写了但实现有问题"混在一起,5 条 skip 曾把 `clean.py` 的 bug 全藏住。xfail 照样进报告,修好后自动变 XPASS,是"修好了"的信号,而且 XPASS 不失败,不会卡住提交 |
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| 29 | 静态分析器钉死到工作区 `.venv`,并把 base 的 site-packages 用 `.pth` 链进去 | pyright / Pylance **不认** `pyvenv.cfg` 的 `include-system-site-packages`,`.venv` 自己只有 `pip`;不钉的话它们会去 PATH 上找 python,本机 PATH 上那个是 Codex 运行时的 3.14 shim,没有科学栈,于是报"无法解析导入"。`.pth` 是唯一被 pyright 认的转发手段 |
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| 28 | 不启用 ruff 的 preview 规则集 | `E302`(函数间要 2 个空行)在 ruff 0.16 里是 preview 规则,`select = ["E"]` 默认**不包含**它——所以少一个空行 ruff 照样报 "All checks passed"。行数空行得自己盯,别指望 lint |
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| 27 | base 里的 zstandard 残骸目录**改名禁用**,不删除、不重装 | 删掉不可逆;`pip install zstandard` 会给 base 塞一个 conda 记录里根本没有的包,下次 `conda update --all` 又要重新判断。改名后 `import` 变回正常 `ModuleNotFoundError`,pandas 自动跳过 |
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## 下一步
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1. ~~`save_table` 校验顺序~~ **已修**:后缀判断提到 `mkdir` 前面,并补了回归测试
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`test_save_table_validates_before_touching_disk`(断言参数非法时 `tmp_path` 下一个条目都不留)。
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`io.py` 至此收尾,L0 的第 3 项完成。
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2. 继续 L0,**下一个:`data/clean.py` 的 `clean_missing`**(L0 / A 档,直接能写)。
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同文件的 `detect_outliers` 是 **S 档**,要先按 `docs/dev/function-card-template.md`
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把函数卡片写出来再动手。
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3. 每写完一个函数,在 `examples/` 里加一行最小用法,并更新本文件。
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4. L0 跑通后,找一道真题(建议 2025 C)走完整流程,反向沉淀函数。
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1. **修 `detect_outliers`**(唯一挡在 L0 前进路上的 🔴,三处都在 `src/mcm_toolkit/data/clean.py`):
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- `clean.py:165-167` 的 `threshold` 范围校验放错了函数:`threshold` 只在 zscore 分支
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赋值,iqr 走进去就是 `UnboundLocalError`;而且 z 的阈值本来就是 3.0,
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用 `0 <= threshold <= 1` 卡它必然把默认值拒掉。
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你本意多半是想校验 `clean_missing` 的 `threshold`(那个才该是 [0,1])——把它挪过去,
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`detect_outliers` 里删掉。ruff 剩下的那 1 条(SIM102)也在这 3 行里,删掉就全绿。
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- `clean.py:145` 的 `df.quantile()` 要在**数值列**上算:`df.select_dtypes(include='number')`,
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否则赛题表一带文本列就崩。`winsorize` 的 `clean.py:186` 同病,
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而且它的空数值列判断排在了分位数之后,等于没兜住。
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- `clean.py:130-131` 的 `is_series` / `is_ld_array` **永远为 False**:
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第 114-117 行已经把 `data` 转成 DataFrame 了,再判断 `isinstance(data, pd.Series)` 自然不成立。
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要在转换**之前**记下来,或者干脆用 `inspect` 拿原始入参。修好后
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`test_detect_outliers_returns_mask_not_filtered_data` 会从 xfail 变 XPASS。
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2. **写 `detect_outliers` 的 S 档函数卡片**(`docs/algorithms/` 下,照 `docs/dev/function-card-template.md`)。
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roadmap 要求 S 档先写卡片再写码 —— 这次是反着来的,所以三个 bug 都在"该想清楚"的地方翻车:
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上界符号、布尔优先级、维度。卡片本身就是防这个的。
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3. 顺手把 `impute_missing` 的 mode 分支改成**返回新表**(现在就地改调用方的 DataFrame,和另外四个分支不一致)。
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4. 每写完一个函数,在 `examples/` 里加一行最小用法。
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5. L0 跑通后,找一道真题(建议 2025 C)走完整流程,反向沉淀函数。
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