guzhujushi
97a2f95066
现象：编辑器 / pyright 满屏 reportMissingImports，但 .venv 与 conda 环境里 import numpy, pandas 都正常，pytest 也全过。 根因两层： 1. pyright 没配 venvPath / pythonPath 时会去 PATH 上找 python。本机 PATH 上 唯一的 python 是 agent-tools 的 shim（Codex 运行时，Python 3.14），没有科学栈。 pyright --verbose 显示它选了 3.14.6，Search paths 里一个 Anaconda 路径都没有。 注意持久化的 User/Machine PATH 并没有这一项，是 Codex 进程临时注入的——所以 "我的终端没问题"和"工具有问题"可以同时成立。 2. .venv 是 --system-site-packages 建的，三方包在 D:\anaconda\Lib\site-packages， 而 pyright / Pylance 不认 pyvenv.cfg 的 include-system-site-packages， 只去 .venv\Lib\site-packages 找（那里只有 pip）。 pyright 不读 pyvenv.cfg，但**认 .pth**。 改动： - pyproject.toml [tool.pyright]：venvPath = "." / venv = ".venv" / pythonVersion = "3.13"，并注释了为什么必须写 - scripts/setup-venv.ps1：新增第 [2/4] 步，自动往 .venv 写 _mcm_base_site_packages.pth 指向该机 base 的 site-packages，换机重建即可 - tests/test_data.py：3 处 isna().all() 断言外面套 bool()（它的类型是 Series | bool，直接当条件 pyright 报"条件操作数无效"）； 2 处故意传错类型的用例加 type: ignore[arg-type] 结果：pyright 17 errors -> 0 errors / 0 warnings；pytest 两套环境均 40 passed, 44 skipped；ruff All checks passed；setup-venv.ps1 通过 AST 解析 （纯 ASCII + LF）。 文档：docs/04-environment.md 新增坑 7（含 pyright --verbose 诊断口诀与 VS Code / PyCharm 的操作步骤）、STATUS 决策 29、CHANGELOG。
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# 环境配置
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> 记录本机（Windows / PowerShell）上 conda 与 venv 两套环境的**实际**配置方式、
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> 实测数据、以及踩过的坑。相关脚本在 `scripts/`。
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>
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> 状态：**两套环境均已建好、版本已对齐、验证通过**（2026-10-01）。
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## 一、结论速查
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| | venv | conda env |
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|---|---|---|
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| 路径 | `D:\MCM&ICM_Toolkit\.venv` | `D:\anaconda\envs\mcm-toolkit` |
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| 解释器 | Anaconda base，Python **3.13.9** | Python **3.13.15** |
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| 占用 | 10.5 MB | 1.55 GB（+ 共用 pkgs 缓存） |
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| 来源 | `--system-site-packages` 复用 base | conda 从 defaults 通道安装 |
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| 用途 | 轻量开发 / 离线兜底 | **跑题主力环境** |
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| 缺什么 | SALib、pymoo、pyright | 无缺口 |
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**两套的数值计算栈已完全一致**（见 §5），只差 Python 补丁号。可以放心在两套之间切换。
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## 二、venv（轻量、离线可用）
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```powershell
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D:\anaconda\python.exe -m venv --system-site-packages --prompt "mcm-toolkit" .venv
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.venv\Scripts\python.exe -m pip install -e . --no-deps --no-build-isolation
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```
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一键：`./scripts/setup-venv.ps1`
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### 为什么用 `--system-site-packages`
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让 venv 直接复用 Anaconda base 里已有的包，**零下载**就有可用的科学栈，
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而且只有 10.5 MB，可以安心放在项目目录里。
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已验证可导入（版本随 base 走，2026-10-01 base 升级后为）：
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`text
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numpy 2.4.6 scipy 1.18.1 pandas 3.0.6 matplotlib 3.11.2
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scikit-learn 1.9.1 statsmodels 0.15.0 networkx 3.6.1 sympy 1.14.0
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`
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### `--no-deps --no-build-isolation` 是必须的
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* `--no-deps`：依赖已由 base 提供，不必联网解析；
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* `--no-build-isolation`：否则 pip 会新建隔离环境去下载 setuptools 构建后端。
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## 三、conda 环境 `mcm-toolkit`（跑题主力）
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```powershell
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# 一键（推荐）
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.\scripts\setup-conda.ps1
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# 等价的手工命令
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$env:CONDA_PLUGINS_AUTO_ACCEPT_TOS = 'yes' # 见 §4 坑 1
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conda create -n mcm-toolkit -y python=3.13 ^
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numpy scipy pandas matplotlib scikit-learn statsmodels ^
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networkx sympy openpyxl pytest ruff pip
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```
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**实测：约 14.5 分钟（868 秒），下载约 3 GB，环境本体 1.55 GB。**
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建完后补装 pip-only 的依赖并安装本项目：
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```powershell
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$py = 'D:\anaconda\envs\mcm-toolkit\python.exe'
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& $py -m pip install SALib pymoo pyright
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& $py -m pip install -e . --no-deps --no-build-isolation
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```
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这些 `setup-conda.ps1` 已全部自动完成。
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### 为什么不推荐 `--clone base`
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原以为 `conda create -n X --clone base` 是"本地复制、秒级完成、不用下载"。
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**实测不是。** 在 conda 25.11 上它会重放 base 的完整包列表并逐个下载安装
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（连 pandoc、m2-msys2-runtime、anaconda-navigator 这些都用不上的也照下），
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跑 253 秒才下完约 2 GB 就已被中止，按比例算远慢于精准列表。
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所以 `setup-conda.ps1` 的默认路径是**精准包列表**；`-CloneBase` 只在你确实想
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要一份 base 的完整副本时才用。
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### 断网怎么办
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**提前建好环境**，并保留 `D:\anaconda\pkgs` 缓存（现在 8.4 GB）。
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包已在缓存里时 `conda create --offline` 才能工作；否则会失败。
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比赛现场不要指望临时建环境，走 venv（它 100% 离线可用）。
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## 四、踩过的坑
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**坑 1 —— Anaconda ToS 插件要联网。**
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Anaconda 25.x 自带 `conda_anaconda_tos` 插件，任何 `create/install` 之前都会去
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`repo.anaconda.com` 拉 ToS 元数据。断网时它不是报"没网"，而是抛一长串 traceback。
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```powershell
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$env:CONDA_PLUGINS_AUTO_ACCEPT_TOS = 'yes' # 推荐：跳过联网，保留 libmamba 求解器
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conda --no-plugins create ... # 彻底关插件（退化成经典求解器，慢）
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```
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**坑 2 —— `envs_dirs` / `pkgs_dirs` 必须可写。**
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不可写时报 `NotWritableError` 或
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`Error encountered while attempting to create cache directory`。排查：
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```powershell
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conda info --json | Select-String "envs_dirs","pkgs_dirs"
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conda config --show envs_dirs pkgs_dirs
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```
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**坑 3 —— 被中止的 `conda create` 用 `conda env remove` 删不干净。**
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本次中止后 `conda env remove -n mcm-toolkit -y` 跑完，`D:\anaconda\envs\mcm-toolkit`
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**仍然存在**且 `conda env list` 里已看不到它。要手工删目录：
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```powershell
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Remove-Item -LiteralPath 'D:\anaconda\envs\mcm-toolkit' -Recurse -Force
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```
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**坑 4 —— 别把 conda env 建在项目目录里。**
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`conda create -p ./.conda` 会把 GB 级目录放进仓库，脏 `.gitignore` 也容易误提交。
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**坑 5 —— 版本漂移。**
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本机 base 是 2025-10 装的，defaults 通道已是 2026-10 的版本，于是新建的 conda
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环境拿到的是更新的版本（pandas 从 2.3.3 跳到 **3.0.6**，是 major 升级）。
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见 §5，写代码时注意别依赖两套环境都有的行为。
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**坑 6 —— conda 升级留下的 `*.conda_trash` 残骸会被 Python 当成包导入。**
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base 从 2025.12 升到 2026.07 后，`D:\anaconda\Lib\site-packages\zstandard\` 里只剩一个
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`backend_c.cp313-win_amd64.pyd.c~.conda_trash`。目录没了 `__init__.py`，Python 就把它当作
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**namespace package** 导入成功，于是：
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```text
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>>> import zstandard
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>>> zstandard.__file__ # None —— 导入"成功"了，但什么都没拿到
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>>> zstandard.__version__
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AttributeError
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```
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pandas 3.0 的 `import_optional_dependency("zstandard")` 拿到这种半残包时，抛的不是
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`ModuleNotFoundError`（那会被正常忽略），而是
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`ImportError: Can't determine version for zstandard`，直接**打断 `pd.read_csv`**。
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症状很迷惑：同一个脚本今天能跑明天不能跑，报错还指向 csv 读取。
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**怎么查**（关键是 `__file__` 和 `__version__` 两项一起看）：
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```powershell
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& 'D:\anaconda\python.exe' -c "import zstandard; print(zstandard.__file__, getattr(zstandard,'__version__','MISSING'))"
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Get-ChildItem -LiteralPath 'D:\anaconda\Lib\site-packages\zstandard' -Force
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```
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**怎么修**：确认 conda 记录里本来就没有这个包（`conda list -n base | findstr zstandard`
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只该看到 `backports.zstd` / `zstd`），再把这个残骸目录改名禁用（比删掉可逆）：
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```powershell
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Move-Item -LiteralPath 'D:\anaconda\Lib\site-packages\zstandard' `
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-Destination 'D:\anaconda\Lib\site-packages\zstandard.disabled-conda-trash'
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```
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改名后 `import zstandard` 变成正常的 `ModuleNotFoundError`，pandas 会安静地跳过它。
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本次已按此处理，`.venv` 的 `pd.read_csv` 恢复正常。
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**坑 7 —— 编辑器报"无法解析导入 numpy / pandas"，但解释器明明是对的。**
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现象：`.venv` 与 conda 环境里 `import numpy, pandas` 都正常，pytest 也全过，
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只有编辑器/pyright 满屏 `无法解析导入"numpy"`。
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原因是**静态分析器自己挑了一个 python**，跟你运行代码用的那个没关系。本机上
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`pyright --verbose` 一跑就露馅：
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```text
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Assuming Python version 3.14.6.final.0
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Search paths:
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c:\Users\guzhu\AppData\Roaming\Python\Python314\site-packages
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c:\Users\guzhu\AppData\Local\Python\pythoncore-3.14-64\Lib\site-packages
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... <- 一个 Anaconda 路径都没有
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```
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那个 3.14 来自 PATH 上的 `python`，而 PATH 上的 `python` 是本机唯一的 python：
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```text
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where python -> C:\Users\guzhu\agent-tools\bin\python.cmd
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\-> C:\Users\guzhu\.cache\codex-runtimes\...\python\python.exe
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```
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**Codex 运行时的 shim**（Python 3.14，没有 numpy/pandas）。分析器从 PATH 找到它，
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自然解析不到科学栈。注意持久化的 User/Machine PATH 里**并没有**这一项，
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它是被 Codex 进程临时注入的——所以"我的终端里没问题"和"工具有问题"可以同时成立。
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还有第二层原因：`.venv` 是 `--system-site-packages` 建的，三方包都在
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`D:\anaconda\Lib\site-packages`，而 **pyright / Pylance 不认 `pyvenv.cfg` 里的
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`include-system-site-packages`**，只会去 `.venv\Lib\site-packages` 找——
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那里只有 `pip`，于是照样报解析不到。
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修法（两件事都要做）：
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1. 在 `pyproject.toml` 里把分析器钉到工作区 venv，别让它去 PATH 上碰运气：
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```toml
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[tool.pyright]
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venvPath = "."
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venv = ".venv"
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pythonVersion = "3.13" # 不写就跟着 PATH 上那个 3.14 走
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```
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2. 在 `.venv\Lib\site-packages` 放一个 `.pth` 指向 base 的 site-packages。
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pyright **不读** `pyvenv.cfg`，但**会读 `.pth`**：
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```powershell
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& 'D:\anaconda\python.exe' -c "import sysconfig; print(sysconfig.get_paths()['purelib'])"
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# 把输出的那一行原样写进 .venv\Lib\site-packages\_mcm_base_site_packages.pth
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```
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`scripts/setup-venv.ps1` 已经自动做这一步（第 [2/4] 步），换机重建 `.venv` 不用手动补。
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改完 pyright 从 `17 errors` 掉到 `0 errors`。IDE 侧还要各做一件事：
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* **VS Code / Cursor**：`Ctrl+Shift+P` → Python: Select Interpreter → 选
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`D:\anaconda\envs\mcm-toolkit\python.exe`（或 `.venv\Scripts\python.exe`），
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然后 Developer: Reload Window。Pylance 有缓存，不重载不生效。
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* **PyCharm**：Settings → Project → Python Interpreter 选同一个，
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再 File → Invalidate Caches / Restart。
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**一句诊断口诀**：编辑器说"解析不到包"时，先跑 `pyright --verbose` 看它的
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`Search paths`，而不是先去 `pip install`。
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## 五、两套环境的实际版本（已对齐）
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**2026-10-01 已把 base 从 Anaconda 2025.12 升到 2026.07，两套环境版本已对齐。**
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| 包 | venv（继承 base） | conda `mcm-toolkit` | |
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|---|---|---|---|
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| Python | 3.13.9 | 3.13.15 | 补丁号，可忽略 |
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| numpy | 2.4.6 | 2.4.6 | ✅ 一致 |
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| scipy | 1.18.1 | 1.18.1 | ✅ 一致（连 build 号都相同） |
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| pandas | 3.0.6 | 3.0.6 | ✅ 一致 |
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| matplotlib | 3.11.2 | 3.11.2 | ✅ 一致 |
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| scikit-learn | 1.9.1 | 1.9.1 | ✅ 一致 |
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| statsmodels | 0.15.0 | 0.15.0 | ✅ 一致 |
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| networkx | 3.6.1 | 3.6.1 | ✅ 一致 |
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| sympy | 1.14.0 | 1.14.0 | ✅ 一致 |
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| pytest | 9.1.1 | 9.1.1 | ✅ 一致 |
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| SALib / pymoo / pyright | 缺失 | 已装 | venv 本来就只做轻量开发 |
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| BLAS 后端 | **MKL** | **MKL** | ✅ 一致 |
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### base 升级记录
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[FENCE]powershell
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conda update -n base --all -y # 365 个包更新，下载 638 MB，耗时 1033 秒
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conda install -n mcm-toolkit numpy=2.4.6 -y # 把项目环境对齐到 base 的 numpy
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[FENCE]
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* `conda` 本身从 25.11.1 升到 **26.7.3**。
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* 升级前 `conda list -n base --revisions` 里已留有 revision 记录，可回滚：
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`conda install -n base --revision <N>`。
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* **踩过的坑**：base 想装 `numpy=2.5.3` 时求解器会顺手把 BLAS 从 **MKL 换成 OpenBLAS**
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（`_anaconda_depends 2026.07 ..._mkl_1 → ..._openblas_1`、`blas 1.0-mkl → 1.0-openblas`）。
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`_anaconda_depends` 把 base 的 numpy 钉在 2.4.6，硬升会牵动整套线性代数后端，
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所以选择把项目环境的 numpy **降到 2.4.6** 来对齐，而不是动 base。
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* 升级期间遇到 `repo.anaconda.com` 读超时（默认 9.15 秒太短），已把
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`remote_read_timeout_secs` 调到 120、`remote_connect_timeout_secs` 调到 30、
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`remote_max_retries` 调到 5。这几项写在 `~/.condarc` 里。
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## 六、国内镜像（需要装新包时）
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```powershell
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conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main
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conda config --set show_channel_urls yes
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# pip（对 venv 和 conda 环境都生效）
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python -m pip config set global.index-url https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple
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```
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> 本机当前通过 `http://127.0.0.1:7993` 的 UniClash 代理直连，未配镜像。镜像只影响**下载**，
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> 不影响坑 1 的 ToS 行为。
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## 七、可选依赖
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核心 4 个包（`numpy scipy pandas matplotlib`）两套环境都有。其余按需：
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```powershell
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python -m pip install -e ".[ml]" # sklearn statsmodels 已有
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python -m pip install -e ".[graph]" # networkx 已有
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python -m pip install -e ".[sensitivity]" # SALib conda 环境已有
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python -m pip install -e ".[symbolic]" # sympy 已有
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python -m pip install -e ".[moo]" # pymoo conda 环境已有
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python -m pip install -e ".[excel]" # openpyxl 已有
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python -m pip install -e ".[dev]" # pytest ruff pyright
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```
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缺依赖时对应函数应当给出可读的安装提示，而不是裸抛 `ImportError`
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（写成约定，见 `docs/02-architecture.md` §4.6）。
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## 八、脚本的编码约定（踩过的坑）
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`scripts/` 下的 `.ps1` **必须是纯 ASCII + UTF-8 无 BOM + LF**。
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原因是 Windows PowerShell 5.1 **在没有 BOM 时按 ANSI（本机 GBK）解析 `.ps1`**，
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中文注释和中文消息会被拆成非法字节，报出来的却是一堆莫名其妙的
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`Missing closing '}' in statement block` / `The string is missing the terminator`。
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（实测：带中文的 `doctor.ps1` 直接语法错误；改成纯 ASCII 后立刻正常。）
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两种可行方案，本项目选了第二种：
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1. 保留中文 → 必须存成 **UTF-8 with BOM**（违反 AGENTS.md 的"无 BOM"约定）；
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2. **纯 ASCII，注释与输出用英文** → 符合 AGENTS.md，且任何编码下都能解析。← 采用
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另一个相关的坑：**PowerShell 5.1 向原生程序传参时会吃掉双引号**，
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所以 `doctor.ps1` 里传给 `python -c` 的探测代码只能用单引号字符串。
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## 九、已知的沙箱相关现象
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如果在受限环境（文件系统只读 / 无网络）里跑 matplotlib，会看到：
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```text
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Matplotlib created a temporary cache directory at ... because there was an issue with
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the default path (C:\Users\guzhu\.matplotlib)
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```
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这不是配置问题，是 `~\.matplotlib` 不可写。正常终端里不会出现；
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真遇到时设置 `MPLCONFIGDIR` 指向可写目录即可：
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```powershell
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$env:MPLCONFIGDIR = "$env:TEMP\matplotlib"
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```
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