MCM-ICM_Toolkit

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guzhujushi	95f5266563	feat(stats): correlation_matrix 按方案 A 拆成三个函数，收口返回契约（L0 9/12）用户 2026-10-03 拍板方案 A（见决策 41），由 Codex 落地。拆成三个函数: - correlation_matrix -> 数值系数矩阵（对角线 1.0） - correlation_pvalues -> 数值 p 值矩阵（对角线 NaN） - correlation_table -> 星标字符串表（对角线 1.000 不带星）三者共用 _check_corr_args 守卫与成对删缺失口径；correlation_table 在最外层调另外两个。理由: 字符串表做不了后续计算（挑高相关对、喂聚类/PCA、画热力图），反过来随时能格式化；一旦返回字符串，数值信息不可逆地丢失。顺带修掉两处: - 对角线 p 值由 0.0 改成 NaN —— 写 0 会被下游读成"极显著"，而"自己和自己"没有 p 值 - p 值与 r 现在用同一批观测: 先成对 dropna() 再算，并同样尊重 min_periods。此前 corr 是成对删缺失、pearsonr 不删，两者样本量不同，r 与 p 对不上 - p 值只算上三角再镜像（成对变量的 p 天然对称），省一半重复计算 tests: test_correlation_matrix_diagonal_is_one 摘掉 xfail 转正；新增 8 条（数值性+对称性、非数值列跳过、p 值对照解析式 t = r*sqrt((n-2)/(1-r^2))、对角线 NaN、成对删缺失口径、min_periods、对角线无星标、表格与数值输出一致）。测试 105 passed / 38 skipped / 1 xfail -> 114 passed / 38 skipped / 0 xfail。验证: pytest 114 passed / 38 skipped；ruff All checks passed；pyright 0 errors。 docs: STATUS.md（L0 9/12 + 决策 41 + 下一步）；CHANGELOG； personal-pitfalls 追加第 14 条（把"能看的表"和"能算的表"塞进同一个返回值）； roadmap 记录 correlation_matrix 的两个伴随函数	2026-10-03 14:53:05 +08:00
guzhujushi	98278edd77	docs: 新增「类型约定」章节（架构 §4.7）把"数据类型必须明确"从口头要求变成仓库规则，每个函数都适用。 - 判断顺序表：整数用 (int, np.integer)、浮点用 (float, np.floating)、 bool 要放在 int 判断之前、数组先 np.asarray 归一化 - 硬规则：非法类型必须 raise TypeError，不许静默兜底（静默的后果是"种子被忽略、结果不可复现且无提示"，最难查） - 要求每个公开函数写全 Parameters（含 None 走哪条分支）与 Raises - docs/03-roadmap.md §3.2 开发纪律加一行指针	2026-10-01 20:04:32 +08:00
guzhujushi	5319589dfd	chore: 初始化 MCM/ICM Toolkit 仓库骨架审查并精简 ChatGPT 的建库建议后落地的第一版骨架，只定接口不写实现。 - 建议审查：14 个包 → 7 个；约 250 个函数 → 约 40 个；5 个 Result 类 → 1 个（docs/01-suggestion-review.md） - docs/：架构、路线图（含永久不做清单）、环境、Git 工作流、函数卡片模板 - src/mcm_toolkit/：core / data / stats / models / solve / decision / viz 共 23 个模块，均为签名 + docstring + NotImplementedError - tests/：9 个文件，其中 test_api_surface.py 已通过（20 passed） - examples/ problems/ notebooks/ figures/ tables/ 骨架 - pyproject.toml（核心依赖 4 个 + 6 组 extras）、environment.yml - scripts/：setup-venv.ps1（ASCII + LF）、setup-conda.ps1、doctor.ps1 - 环境：.venv（system-site-packages）与 conda 环境 mcm-toolkit 均已建好，数值栈版本与 base 完全对齐（numpy 2.4.6 / scipy 1.18.1 / pandas 3.0.6，MKL 后端）	2026-10-01 17:43:48 +08:00

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guzhujushi

95f5266563

feat(stats): correlation_matrix 按方案 A 拆成三个函数，收口返回契约（L0 9/12）

用户 2026-10-03 拍板方案 A（见决策 41），由 Codex 落地。

拆成三个函数:
- correlation_matrix  -> 数值系数矩阵（对角线 1.0）
- correlation_pvalues -> 数值 p 值矩阵（对角线 NaN）
- correlation_table   -> 星标字符串表（对角线 1.000 不带星）
三者共用 _check_corr_args 守卫与成对删缺失口径；correlation_table 在最外层调另外两个。
理由: 字符串表做不了后续计算（挑高相关对、喂聚类/PCA、画热力图），反过来随时能格式化；
      一旦返回字符串，数值信息不可逆地丢失。

顺带修掉两处:
- 对角线 p 值由 0.0 改成 NaN —— 写 0 会被下游读成"极显著"，而"自己和自己"没有 p 值
- p 值与 r 现在用同一批观测: 先成对 dropna() 再算，并同样尊重 min_periods。
  此前 corr 是成对删缺失、pearsonr 不删，两者样本量不同，r 与 p 对不上
- p 值只算上三角再镜像（成对变量的 p 天然对称），省一半重复计算

tests: test_correlation_matrix_diagonal_is_one 摘掉 xfail 转正；新增 8 条
  （数值性+对称性、非数值列跳过、p 值对照解析式 t = r*sqrt((n-2)/(1-r^2))、
   对角线 NaN、成对删缺失口径、min_periods、对角线无星标、表格与数值输出一致）。
  测试 105 passed / 38 skipped / 1 xfail -> 114 passed / 38 skipped / 0 xfail。

验证: pytest 114 passed / 38 skipped；ruff All checks passed；pyright 0 errors。

docs: STATUS.md（L0 9/12 + 决策 41 + 下一步）；CHANGELOG；
      personal-pitfalls 追加第 14 条（把"能看的表"和"能算的表"塞进同一个返回值）；
      roadmap 记录 correlation_matrix 的两个伴随函数

2026-10-03 14:53:05 +08:00

guzhujushi

98278edd77

docs: 新增「类型约定」章节（架构 §4.7）

把"数据类型必须明确"从口头要求变成仓库规则，每个函数都适用。

- 判断顺序表：整数用 (int, np.integer)、浮点用 (float, np.floating)、
  bool 要放在 int 判断之前、数组先 np.asarray 归一化
- 硬规则：非法类型必须 raise TypeError，不许静默兜底
  （静默的后果是"种子被忽略、结果不可复现且无提示"，最难查）
- 要求每个公开函数写全 Parameters（含 None 走哪条分支）与 Raises
- docs/03-roadmap.md §3.2 开发纪律加一行指针

2026-10-01 20:04:32 +08:00

guzhujushi

5319589dfd

chore: 初始化 MCM/ICM Toolkit 仓库骨架

审查并精简 ChatGPT 的建库建议后落地的第一版骨架，只定接口不写实现。

- 建议审查：14 个包 → 7 个；约 250 个函数 → 约 40 个；5 个 Result 类 → 1 个
  （docs/01-suggestion-review.md）
- docs/：架构、路线图（含永久不做清单）、环境、Git 工作流、函数卡片模板
- src/mcm_toolkit/：core / data / stats / models / solve / decision / viz
  共 23 个模块，均为签名 + docstring + NotImplementedError
- tests/：9 个文件，其中 test_api_surface.py 已通过（20 passed）
- examples/ problems/ notebooks/ figures/ tables/ 骨架
- pyproject.toml（核心依赖 4 个 + 6 组 extras）、environment.yml
- scripts/：setup-venv.ps1（ASCII + LF）、setup-conda.ps1、doctor.ps1
- 环境：.venv（system-site-packages）与 conda 环境 mcm-toolkit 均已建好，
  数值栈版本与 base 完全对齐（numpy 2.4.6 / scipy 1.18.1 / pandas 3.0.6，MKL 后端）

2026-10-01 17:43:48 +08:00