docs: 让文档与环境/仓库真实状态一致

- STATUS.md：补 D. Git 仓库小节（init/首次提交/行尾复核）；
  环境版本按实测复核更新（venv 已随 base 升到 numpy 2.4.6 等）；
  遗留项改为「Gitea 远程待配置」并记录沙箱账户的文件所有权副作用；
  新增决策 17（.git 由本人账户重建，不做 safe.directory 豁免）
  与 18（仓库级 core.autocrlf=false）
- docs/05-git-workflow.md：开头改为「已初始化，待配远程」；
  新增 §4 仓库归属注意，说明 dubious ownership 的成因与正确处置
- README.md：conda 脚本说明由「clone base，离线」更正为「精准包列表」；
  补一行仓库状态

docs/05-git-workflow.md

@@ -1,6 +1,7 @@
 # Git 工作流与远程托管
 
-> 本仓库目前是**本地仓库**，之后托管到你自己的 Gitea。
+> 本仓库**已初始化**：分支 `main`，首次提交 `5319589`（76 文件），工作区干净。
+> 尚未配置远程，之后托管到你自己的 Gitea。
 
 ---
 
@@ -99,7 +100,25 @@ git remote set-url origin git@git.你的域名:用户名/mcm-icm-toolkit.git
 git push -u origin main
 ```
 
-### 4. 如果不想公开
+### 4. 仓库归属注意（重要）
+
+`.git` 必须是**你自己的账户**创建的。若用沙箱化的 AI agent 通道代跑 `git init`，
+它可能以别的账户身份创建 `.git`，之后你自己跑 git 就会报：
+
+    fatal: detected dubious ownership in repository
+
+正确做法是删掉重建（以本人账户）：
+
+    Remove-Item -LiteralPath .git -Recurse -Force
+    git init -b main
+
+**不要**用 `git config --global --add safe.directory` 绕过——那只是把问题藏起来，
+而且会让 git 在真正的归属异常时也不再警告。
+
+同理，沙箱通道写出的文件 Owner 会是沙箱账户，但权限继承自
+`Authenticated Users`（Modify），读写不受影响，只有 git 的归属检查会误报。
+
+### 5. 如果不想公开
 
 Gitea 建仓库时选 **Private**。队友通过
 仓库设置 → 协作者 → 添加成员 授权。